Anestézie
Po příjezdu na operační sál se pacienta nejprve ujímá anesteziologický tým. Pokud je to možné zajišťují se vhodné cévní přístupy k podávání léků a anestezie. U většiny pacientů se do oblasti páteřního kanálu napichuje drobný katétr, který zajišťuje trvalé podávání léků proti bolesti zejména v pooperačním období. Po uvedení do celkové anestezie je pomocí trubičky zasunuté do dýchacích cest pacient napojen na dýchací přístroj. Tato trubička se odpojuje, jakmile je pacient schopen dýchat sám, nejčastěji krátce po operaci.
Vlastní operační zákrok
Přístup do dutiny břišní je nejčastěji středním řezem. Většina pacientů má již za sebou mnohočetné operace, někteří již mají vývod. Princip operace spočívá v uvolnění všech srůstů po předchozích operacích a preparaci místa, kam se našije anastomóza – spojení mezi tepenným řečištěm pacienta a vlastní tepnou transplantovaného orgánu a podobně mezi žílou štěpu a žilním systémem příjemce. Po našití těchto cévních spojení následuje uvolnění svorek a do nového orgánu je vpuštěna krev. Po zahřátí se obnovuje kontinuita trávicího traktu. Všem pacientům se část transplantovaného orgánu vyvádí ve formě střevního vývodu. Jeho funkce spočívá jednak v zajištění odvodu trávicích šťáv a později zbytků potravy, ale v pooperačním období je místem, kde lze opticky sledovat stav transplantovaného střeva. Tímto vývodem se také provádějí odběry střevní sliznice, které jsou zcela nebolestivé a slouží k diagnostice a posouzení případných změn způsobených mezi transplantovaným orgánem a příjemcem.
Na závěr operace jsou do dutiny břišní zavedeny hadičky tzv. drény, které odvádí přebytečnou tekutinu a zbytky krevních sraženin po výkonu.
Pokud to je možné, dutina břišní se uzavře stehem. Mnohem častěji, ale musí zůstat dočasně otevřena resp. zakryta dočasným krytím, aby nedošlo k útlaku nového orgánu, pro který v často částečně zašlé dutině břišní není dostatek místa. Jako dočasný kryt může sloužit nesmáčivá síťka nebo optimálně uvolněná kůže.